Environmental DNA detectie

Alle organismen laten sporen van hun aanwezigheid achter. Die sporen bevatten in meer of mindere mate DNA, dat uniek is voor elke plant- of diersoort. Het opsporen en duiden van dit environmental-DNA (eDNA) wordt mondiaal steeds belangrijker voor het behoud van bedreigde soorten en behoud van biodiversiteit. Een voorbeeld van het belang van behoud van biodiversiteit is de verspreiding van kreeftenpest, een dodelijke ziekte bij Europese zoetwaterkreeften, veroorzaakt door de oömyceet (waterschimmel) Aphanomyces astaci. Het detecteren van sporen van deze waterschimmel in oppervlaktewater is van cruciaal belang voor het behoud van de Europese rivierkreeft. Vanuit dit perspectief wordt er in een internationaal samenwerkingsverband (Wageningen University & Research, Universität Koblenz-Landau, University of Eastern Finland(Kuopio) én Fontys Hogeschool Eindhoven) onderzoek gedaan naar mogelijkheden voor betrouwbare moleculaire detectie van deze waterschimmel uit grote volumes rivierwater.

Projectresultaten
  • Ontwikkeling van een geheel nieuwe filtratie- en isolatie-methode voor e-DNA
  • Geoptimaliseerde e/o nieuwe DNA detectie test voor Aphanomyces astaci
  • Ondernemingsplan
  • (Wetenschappelijk) publicaties omtrent nieuwe DNA test voor detectie
Projectteam

Anne Loonen (projectleider vanuit TNW), Maurice Tilmans (WUR, projectleider vanuit samenwerkingsverband, Juliëtte Schlaghecke (labmanager TNW), Javier Maduro (TNW), Dankeld Vanmeenen (Bedrijfskunde) (Fontys),), Ivo Roessink (WUR), Anne Schrimpf, Kathrin Theissinger (Universität Koblenz-Landau) & Jenny Makkonen Jappo Jussila (University of Eastern Finland).

Looptijd project

Januari t/m juli 2019.

Opmerking: dit project is een vervolg op een TEC for Society-onderzoek uit najaar 2018.


Update maart 2019
  • Bij het maken van het mechanisch scheidingsapparaat is enige vertraging opgetreden. Via de WUR wordt een oplossing gezocht.
  • Er is inmiddels een lab scheidingsmethode ontwikkeld. Deze wordt nog verder verfijnd.
  • Voor het opzetten van een moleculaire detectie methode voor A. astaci DNA en DNA sporen zijn twee experimenten uitgevoerd in samenwerking met de Duitse partner. Dit zal in mei worden afgerond.
  • Er wordt gewerkt aan het kweken van A. astaci en de sporulatie experimenten worden momenteel geoptimaliseerd (vanuit het protocol van Finse collega’s).
  • Het bedrijfskundige deel gaat zeer goed. Er zijn 6 businessmodellen onderzocht en geëvalueerd op haalbaarheid. Er zijn 3 modellen verder ontwikkeld:

o    Mechanisch scheidingsapparaat en Helofytenfilter in duurzame woningbouw

o    Ballastwatermanagement

o    Agrarisch bemonsteren

  • Er wordt gewerkt aan een wetenschappelijke publicatie.
  • De samenwerking tussen Fontys, WUR, Universiteit landau en Universiteit Eastern Finland verloopt erg goed.
Sfeerafbeelding Fontys

Lectoraat
Applied Natural Sciences

Jan Bernards

08850 74280
j.bernhards@fontys.nl

Projectleiding

Anne Loonen
Fontys Hogeschool Toegepaste Natuurwetenschappen

08850 82219
a.loonen@fontys.nl

Projectleiding vanuit internationaal samenwerkingsverband

Wageningen University & Research
Maurice Tilmans

maurice.tilmans@wur.nl

Partner

WUR (Wageningen University & Research)
Universität Koblenz-Landau)
University of Eastern Finland
Shapeways